Audit de la reproductibilité des analyses (BLAST et alignement de séquences)
Des analyses que l'équipe sait refaire, tracer et présenter à un relecteur, à un financeur ou à une instance d'évaluation.
En bref
- Résultat
- Des analyses que l'équipe sait refaire, tracer et présenter à un relecteur, à un financeur ou à une instance d'évaluation.
- Idéal pour
- Directeur de laboratoire, responsable de plateforme technologique ou de calcul, ou ingénieur de recherche qui prend la suite d'une équipe.
- Ce que vous obtenez
- Rapport d'audit avec les constats classés par risque, des exemples tirés de vos fichiers et un plan d'actions ordonné.
- Prérequis de votre côté
- Accès en lecture aux dépôts de code, aux journaux d'exécution et à la description des données, et entretiens avec ceux qui lancent les analyses.
- Durée et charge
- 5 à 10 jours
- Format
- Forfait
Exemple de situation
Recenser les usages, les versions et les conditions d'emploi. Une unité utilise le thème BLAST et alignement de séquences sur plusieurs postes et serveurs. L'audit recense qui s'en sert, dans quelle version, sur quelles machines et selon quelles conditions de licence ou d'usage, puis propose un registre tenu à jour par la direction de l'unité.
Nous auditons la façon dont votre équipe produit, conserve et refait ses analyses sur le thème BLAST et alignement de séquences. Nous suivons une analyse de bout en bout, de la donnée brute au résultat publié : versions du code et de ses dépendances, journal des paramètres, environnement d'exécution (poste, serveur, mésocentre, conteneur), licences, stockage et sauvegarde, circulation des données personnelles lorsqu'il y en a.
Le rapport classe les constats par risque pour la reproductibilité et pour les données, avec des exemples tirés de vos propres fichiers. Il propose un plan d'actions ordonné : ce qui se corrige en une semaine, ce qui demande un choix d'outil, ce qui relève de la direction de l'unité. Il peut servir de pièce dans un plan de gestion de données ou un dossier de financement. Nous n'évaluons pas la valeur scientifique des résultats : nous regardons comment ils sont obtenus et conservés.
Déroulé de la prestation
Cadrage
Nous fixons avec vous le périmètre, le référentiel applicable et les interlocuteurs, et nous convenons des règles de confidentialité et d'accès aux sites et aux systèmes.
Lecture documentaire
Nous lisons les procédures, enregistrements et comptes rendus relatifs au thème BLAST et alignement de séquences, avant toute rencontre, pour arriver sur le terrain avec des questions précises.
Entretiens et observation
Nous rencontrons les responsables et les utilisateurs, et nous observons les pratiques sur le terrain (salle, laboratoire, bibliothèque, local technique) lorsque l'accès est possible.
Analyse des écarts
Chaque constat est rattaché à une exigence identifiée, classé par gravité et par urgence, et associé à une action corrective, un responsable et un délai.
Restitution
Nous présentons le rapport à votre direction, répondons aux objections et, si vous le souhaitez, préparons avec vous le plan d'actions.
Livrables, format et conditions
Au terme de la prestation, vous disposez des éléments suivants, rédigés pour être présentés à votre direction, à votre conseil ou à l'autorité concernée.
- Rapport d'audit avec constats classés par risque et exemples tirés de vos propres fichiers
- Cartographie des logiciels, des licences, des machines et des données utilisés par l'unité
- Plan d'actions ordonné, présenté à la direction de l'unité et au responsable de plateforme
Format et charge : forfait, 5 à 10 jours. Idéal pour : directeur de laboratoire, responsable de plateforme technologique ou de calcul, ou ingénieur de recherche qui prend la suite d'une équipe. Prérequis de votre côté : accès en lecture aux dépôts de code, aux journaux d'exécution et à la description des données, et entretiens avec ceux qui lancent les analyses.
Exemples d'usage
Deux situations d'exemple dans lesquelles cette prestation a du sens. Ce sont des exemples construits à partir de situations courantes du secteur, pas des références clients ; les chiffres sont indicatifs et dépendent de l'établissement et du périmètre.
Recenser les usages, les versions et les conditions d'emploi
Une unité utilise le thème BLAST et alignement de séquences sur plusieurs postes et serveurs. L'audit recense qui s'en sert, dans quelle version, sur quelles machines et selon quelles conditions de licence ou d'usage, puis propose un registre tenu à jour par la direction de l'unité.
Revoir les accès et les sauvegardes autour d'un outil
Autour du thème BLAST et alignement de séquences, l'audit examine qui accède aux fichiers produits, où ils sont stockés et comment ils sont sauvegardés. Il relève les copies oubliées sur des postes personnels et propose des règles d'accès et de sauvegarde adaptées à l'unité.
Questions fréquentes sur cette prestation
Combien de temps dure l'audit et qui le réalise ?
La charge indicative est de 5 à 10 jours, format forfait, répartie entre la lecture documentaire, les entretiens, l'observation sur site et la rédaction. L'auditeur est un praticien du thème BLAST et alignement de séquences dans l'enseignement supérieur, la recherche ou la formation, indépendant de vos équipes, qui signe les engagements de confidentialité demandés. Nous fixons le calendrier avec vous pour que la restitution précède votre échéance, évaluation externe, audit de certification ou contrôle, d'au moins quelques semaines, afin de laisser le temps de traiter les écarts les plus importants.
Quelle différence avec une formation sur ce thème ?
La formation transmet des compétences ; l'audit vous dit où vous en êtes. Sur le thème BLAST et alignement de séquences, l'audit produit un rapport étayé, avec des constats rattachés à des exigences identifiées et un plan d'actions chiffré, présentable à votre direction ou à un évaluateur. Il met souvent en évidence des besoins de formation, que nous pouvons ensuite couvrir, mais il ne remplace pas la formation, et inversement. Il ne remplace pas non plus l'évaluation d'une autorité ou d'un organisme de certification, que nous ne réalisons pas. Les deux prestations se combinent dans un même plan lorsque l'échéance le justifie.
Intervenez-vous sur des données génétiques de personnes, et à quelles conditions ?
Nous préférons travailler sur des données pseudonymisées ou sur un jeu d'essai que vous nous remettez, car une donnée génétique est une donnée personnelle à protection renforcée. Lorsque l'accès à des données réelles est nécessaire sur le thème BLAST et alignement de séquences, il est décidé par votre responsable de traitement, décrit dans une convention, limité aux fichiers utiles et exercé dans votre infrastructure, sans copie chez nous. Nous ne sommes pas votre délégué à la protection des données : nous préparons les éléments que celui-ci instruit.
Demander un devis
Indiquez l'établissement, les équipes concernées et l'échéance : nous revenons vers vous sous 48 h ouvrées avec un premier cadrage ; le devis détaillé suit l'échange.
Les autres types de prestation sur le thème BLAST et alignement de séquences
- Conseil en organisation du calcul et des analyses (BLAST et alignement de séquences)
- Conception d'une chaîne d'analyse reproductible (BLAST et alignement de séquences)
- Accompagnement vers des pratiques reproductibles (BLAST et alignement de séquences)
- Assistance technique au forfait en bioinformatique (BLAST et alignement de séquences)
- Découvrir les principes fondamentaux du traitement des séquences génomiques avec BLAST