Faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI (National Center for Biotechnology Information, centre américain d'information sur la biotechnologie)
Vos chercheurs en génomique étendent leur pratique du thème Galaxy à un sujet complémentaire ou à une tendance, avec des cas concrets.
En bref
- Résultat
- Vos chercheurs en génomique étendent leur pratique du thème Galaxy à un sujet complémentaire ou à une tendance, avec des cas concrets.
- Idéal pour
- Praticiens du thème Galaxy qui veulent faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI.
- Objectifs pédagogiques
- Vous saurez : faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI ; analyser des données biologiques avec Galaxy ; interpréter des résultats bioinformatiques ; maîtriser Galaxy pour réaliser des analyses génomiques précises.
- Livrables
- Programme du niveau, support de session, évaluation des acquis et attestation détaillée par participant.
- Prérequis
- Niveau 2 acquis ou pratique régulière du sujet ; positionnement par questionnaire.
- Durée
- 1 à 2 jours
- Tarif
- À partir de 1 112 € HT par jour.
Dans quelle situation
Une équipe maîtrise le thème Galaxy et veut faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI. La session dédiée traite ce sujet en profondeur, sans refaire les bases.
Cette session spécifique étend le thème Galaxy à un sujet complémentaire : faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI, dans les laboratoires et les plateformes où chaque résultat dépend d'un code, d'un jeu de données et d'une machine de calcul, et où chaque analyse doit pouvoir être refaite, expliquée et défendue devant un relecteur ou un financeur. Elle s'adresse aux chercheurs en génomique qui pratiquent déjà le sujet et veulent l'articuler avec une méthode voisine ou une évolution récente, à partir de cas concrets et d'outils utilisables dès le retour au poste.
Programme en modules
Le programme de ce niveau 4 sur le thème Galaxy est organisé en 4 modules, ajustés avec vous avant la session à partir de vos documents et de vos situations de travail. À l'issue de la session, les participants sont capables de mettre en œuvre chaque module dans leur contexte, dans leur établissement et leur service.
Module 1 : Faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI
Pourquoi et quand : enjeux du sujet pour votre activité et exemples du secteur.
Module 2 : Analyser des données biologiques avec Galaxy
Apports et méthode, outils et pièges courants.
Module 3 : Interpréter des résultats bioinformatiques
Atelier sur un cas de votre organisation, traité en sous-groupes et restitué.
Module 4 : Maîtriser Galaxy pour réaliser des analyses génomiques précises
Synthèse, évaluation des acquis et plan d'actions.
Public, prérequis et durée
Public : praticiens du thème Galaxy qui veulent faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI. Prérequis : niveau 2 acquis ou pratique régulière du sujet ; positionnement par questionnaire. Durée : 1 à 2 jours, modulables en demi-journées pour respecter le calendrier de votre établissement (rentrée, examens, clôtures budgétaires). Groupe : de quatre à dix participants, par niveau homogène, après positionnement par questionnaire.
Modalités et financement
La formation Galaxy est délivrée sur mesure, en intra, dans votre établissement, dans nos locaux à Lyon ou à distance en classe virtuelle pour les parties théoriques. La durée de cette formation est de 1 à 2 jours, modulable en demi-journées pour respecter le calendrier de votre établissement (rentrée, examens, clôtures budgétaires). Le programme définitif est établi avec vous à partir de vos objectifs, de vos documents et de vos situations de travail.
Nos actions de formation sont certifiées Qualiopi (marque de la certification qualité des organismes prestataires d'actions concourant au développement des compétences) et s'achètent sur devis détaillé, dans le respect du Code de la commande publique lorsque vous y êtes soumis. Chaque session se termine par une évaluation des acquis et une attestation détaillée, exploitable dans votre plan de formation et dans le suivi des compétences de vos équipes. Les formateurs sont des praticiens du secteur, tenus par les engagements de confidentialité demandés par votre établissement.
Déroulé d'une formation
Positionnement
Un court questionnaire situe chaque participant et permet de constituer des groupes homogènes.
Programme
Le programme est ajusté à vos objectifs, à vos documents et à vos cas réels lorsque la confidentialité le permet.
Session
Dans vos locaux, dans nos locaux à Lyon ou à distance pour les parties théoriques, par journées ou demi-journées.
Évaluation des acquis
Chaque session se termine par une évaluation et une attestation détaillée par participant.
Suite
Un bilan vous est remis, avec les compléments possibles et, lorsque le sujet le justifie, la liste des organismes compétents pour un titre ou une certification officielle.
Informations pratiques et réglementaires
- Objectifs pédagogiques
- Faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI
- Analyser des données biologiques avec Galaxy
- Interpréter des résultats bioinformatiques
- Maîtriser Galaxy pour réaliser des analyses génomiques précises
- Prérequis
- Niveau 2 acquis ou pratique régulière du sujet ; positionnement par questionnaire.
- Durée
- 1 à 2 jours, modulables en demi-journées
- Tarif
- À partir de 1 112 € HT par jour. Tarif ferme sur devis, selon le nombre de participants, le lieu et le niveau de personnalisation.
- Modalités et délais d'accès
- Un délai minimum de 7 jours est nécessaire pour accéder à cette formation. Toute inscription fait préalablement l'objet d'un devis et d'un entretien avec notre conseillère.
- Contact
- Romain Rissoan, responsable pédagogique, joignable par le formulaire de demande de devis de cette page ou au 09 72 65 24 84, du lundi au vendredi de 9 h à 18 h.
- Méthodes mobilisées, moyens et encadrement
- Formateur : Un praticien de l'enseignement supérieur, de la recherche ou de la formation, dont les compétences sur le thème sont vérifiées avant chaque session.
- Méthodes pédagogiques : Expositive, démonstrative, interrogative, active ou de découverte et expérientielle, avec des cas tirés des établissements d'enseignement et de recherche.
- Outils et moyens techniques : Formation sur mesure en intra : vos supports et documents lorsque la confidentialité le permet, jeux de données fournis ; classe virtuelle pour les parties à distance.
- Support : Support de cours remis au format PDF en fin de formation.
- Encadrement : Le formateur vérifie les prérequis au démarrage, recueille les attentes des participants et valide leur progression.
- Modalités d'évaluation
- Positionnement initial par questionnaire ; évaluation des acquis en fin de session, par quiz ou mise en situation ; questionnaire de satisfaction à chaud ; attestation de fin de formation remise à chaque participant.
- Accessibilité aux personnes en situation de handicap
- La formation est accessible aux personnes en situation de handicap. Contactez notre référent handicap, Romain Rissoan, via le formulaire de devis ou au 09 72 65 24 84, pour tout besoin d'aménagement. Lors de votre demande de devis, vous pourrez préciser les besoins du participant. Notre politique d'accueil des personnes en situation de handicap
- Résultats
- Résultats de l'organisme Optédif Formation sur l'année 2025, tous sujets confondus : 99 % de satisfaction ; 506 personnes formées, plus 286 personnes confiées par un autre organisme de formation. Voir les avis
- Documents
- Conditions générales de vente, Règlement intérieur, Conditions générales d'utilisation, Politique de confidentialité.
- Certification et déclaration
- La certification qualité a été délivrée au titre de la catégorie d'action suivante : actions de formation. Déclaration d'activité enregistrée sous le numéro 82691159869 auprès du préfet de la région Auvergne-Rhône-Alpes. Cet enregistrement ne vaut pas agrément de l'État.
Information mise à jour le 2 novembre 2026
Questions fréquentes sur cette prestation
À qui s'adresse ce niveau 4 de la formation Galaxy ?
Praticiens du thème Galaxy qui veulent faire interagir Galaxy avec des bases de données externes comme NCBI. Niveau 2 acquis ou pratique régulière du sujet ; positionnement par questionnaire. La formation Galaxy s'adresse en premier lieu aux profils suivants, dans les établissements d'enseignement supérieur, les organismes de recherche et les organismes de formation : chercheurs en génomique. Le niveau 1 convient aux nouveaux entrants et aux personnes qui changent de périmètre : se familiariser avec l'interface de Galaxy. Les niveaux 2 reprennent les bases (revoir la gestion des processus d'analyse bioinformatique) ou accompagnent un changement d'outil ou de version (adapter l'utilisation de Galaxy à une version précédente). Le niveau 3 est réservé aux praticiens confirmés qui veulent perfectionner la création de workflows complexes.
Quelle durée et quel format pour ce niveau 4 de la formation Galaxy ?
Ce niveau 4 dure 1 à 2 jours, modulables en demi-journées pour respecter le calendrier de votre établissement (rentrée, examens, clôtures budgétaires). Nous le délivrons en intra, dans votre établissement, dans nos locaux à Lyon ou à distance en classe virtuelle pour les parties théoriques ; les mises en pratique restent en présentiel dès qu'elles exigent vos équipements ou vos documents. Un délai minimum de 7 jours est nécessaire pour accéder à cette formation. Toute inscription fait préalablement l'objet d'un devis et d'un entretien avec notre conseillère. Une attestation de fin de formation est remise à chaque participant.
Pouvez-vous nous donner accès à un calculateur ou à des heures de calcul ?
Non, Optédif n'est pas un centre de calcul et ne fournit ni machine ni heures de calcul. Sur les calculateurs nationaux, les heures s'obtiennent par un dossier déposé sur le portail DARI (demande d'attribution de ressources informatiques) de GENCI (Grand équipement national de calcul intensif), examiné par des comités thématiques d'experts. Pour le thème Galaxy, nous vous aidons à décider s'il faut passer par ce circuit, par un mésocentre ou par votre propre serveur, puis à décrire vos besoins : volume de calcul, logiciels, données, calendrier. Le dossier reste le vôtre et la décision d'attribution appartient aux comités.
Demander un devis
Indiquez l'établissement, les équipes concernées et l'échéance : nous revenons vers vous sous 48 h ouvrées avec un premier cadrage ; le devis détaillé suit l'échange.
Les autres déclinaisons de formation sur le thème Galaxy
- Se familiariser avec l'interface de Galaxy
- Revoir la gestion des processus d'analyse bioinformatique avec Galaxy
- Perfectionner la création de workflows complexes dans Galaxy
- Galaxy pour chercheur en génomique
- Gérer de grands volumes de données biologiques avec Galaxy et un stockage en cloud
Les autres types de prestation sur le thème Galaxy
