Assistance technique au forfait en bioinformatique (R/Bioconductor pour la génomique)
Un lot de travaux techniques livré, recetté et documenté, que l'équipe peut reprendre et faire évoluer sans nous.
En bref
- Résultat
- Un lot de travaux techniques livré, recetté et documenté, que l'équipe peut reprendre et faire évoluer sans nous.
- Idéal pour
- Responsable de plateforme technologique ou de calcul, ou directeur de laboratoire dont un lot technique précis attend d'être réalisé.
- Ce que vous obtenez
- Lot défini au devis, remis avec sa documentation, ses tests et un procès-verbal de recette, aux dates convenues.
- Prérequis de votre côté
- Un cahier des charges court du lot, un critère de recette, l'accès aux dépôts et aux environnements concernés, et un interlocuteur qui prononce la recette.
- Durée et charge
- 10 à 30 jours par lot
- Format
- Forfait
Exemple de situation
Reprendre et documenter un code existant. Lot défini au devis : reprendre un programme écrit avec le thème R/Bioconductor pour la génomique, le documenter et le ranger dans un dépôt. Les livrables sont le dépôt, la notice et un procès-verbal de recette signé par l'équipe. Un procès-verbal de recette, signé par l'équipe, clôt le lot.
Nous réalisons un lot de travaux défini au devis sur le thème R/Bioconductor pour la génomique : portage d'un code vers une nouvelle machine, mise à jour et test d'une chaîne d'analyse, reprise et documentation d'un ensemble de scripts. Le devis fixe le périmètre, les livrables, leurs dates, le critère de recette et un prix de lot.
Le lot est réalisé par un ingénieur d'Optédif, sous la responsabilité et l'encadrement d'Optédif, dans le cadre d'un contrat de prestation de services portant sur un livrable défini. Les livrables sont remis aux dates convenues et soumis à votre recette. Une passation écrite clôt le lot, pour que votre équipe puisse reprendre le code et la documentation. Optédif ne met pas de personnel à disposition de ses clients.
Déroulé de la prestation
Expression du besoin
Nous précisons avec vous l'objectif, le livrable, le périmètre, la durée et les accès nécessaires, puis nous établissons le devis.
Cadrage contractuel
Le contrat de prestation de services fixe les livrables, les échéances et les exigences à respecter, dont les règles de sécurité et de confidentialité de l'établissement.
Accueil
Engagements de confidentialité, ouverture des accès aux outils et aux sites, accueil sécurité et présentation de l'interlocuteur Optédif.
Mission
L'intervenant travaille sur le thème R/Bioconductor pour la génomique, dirigé par Optédif et encadré par un responsable de prestation qui reste votre interlocuteur, avec un compte rendu à chaque échéance.
Passation
La mission se termine par un transfert documenté vers vos équipes.
Livrables, format et conditions
Au terme de la prestation, vous disposez des éléments suivants, rédigés pour être présentés à votre direction, à votre conseil ou à l'autorité concernée.
- Lot défini au devis, livré avec sa documentation et ses jeux d'essai aux dates convenues
- Procès-verbal de recette établi selon le critère fixé au devis
- Passation écrite remise avec le dernier livrable, permettant à l'équipe de reprendre l'ensemble
Format et charge : forfait, 10 à 30 jours par lot. Idéal pour : responsable de plateforme technologique ou de calcul, ou directeur de laboratoire dont un lot technique précis attend d'être réalisé. Prérequis de votre côté : un cahier des charges court du lot, un critère de recette, l'accès aux dépôts et aux environnements concernés, et un interlocuteur qui prononce la recette.
Exemples d'usage
Deux situations d'exemple dans lesquelles cette prestation a du sens. Ce sont des exemples construits à partir de situations courantes du secteur, pas des références clients ; les chiffres sont indicatifs et dépendent de l'établissement et du périmètre.
Reprendre et documenter un code existant
Lot défini au devis : reprendre un programme écrit avec le thème R/Bioconductor pour la génomique, le documenter et le ranger dans un dépôt. Les livrables sont le dépôt, la notice et un procès-verbal de recette signé par l'équipe. Un procès-verbal de recette, signé par l'équipe, clôt le lot.
Ajouter des tests de non-régression à un programme
Lot défini au devis : écrire des tests de non-régression pour un programme utilisant le thème R/Bioconductor pour la génomique, avec un jeu d'essai et une commande de lancement. La recette consiste à rejouer les tests devant l'équipe. Un procès-verbal de recette, signé par l'équipe, clôt le lot.
Questions fréquentes sur cette prestation
Dans quel cadre et sous quel délai une assistance technique démarre-t-elle ?
Nous répondons sous 48 heures ouvrées et nous établissons le devis après un échange sur le besoin, les livrables et les accès. La mission démarre après l'accord sur le périmètre, les livrables et le calendrier. Sur le thème R/Bioconductor pour la génomique, la charge indicative est de 10 à 30 jours par lot, format forfait. Elle est réalisée sous la responsabilité et l'encadrement d'Optédif, avec des livrables définis et un compte rendu à chaque échéance : l'intervenant est dirigé par Optédif, il n'est pas intégré à vos équipes et ne relève pas de la hiérarchie de l'établissement. Les règles de sécurité et de confidentialité de l'établissement sont respectées.
Quelle différence avec une formation sur ce thème ?
La formation développe les compétences de vos propres équipes ; l'assistance produit un livrable défini, dans un délai convenu. Sur le thème R/Bioconductor pour la génomique, nous privilégions les missions avec un objectif explicite de transfert de compétences, pour que la mission se termine quand votre équipe est autonome. Si le besoin est durable, nous vous conseillons plutôt de recruter et de former, et nous le disons. Les intervenants sont des praticiens du secteur, tenus par les engagements de confidentialité demandés par votre établissement.
Intervenez-vous sur des données génétiques de personnes, et à quelles conditions ?
Nous préférons travailler sur des données pseudonymisées ou sur un jeu d'essai que vous nous remettez, car une donnée génétique est une donnée personnelle à protection renforcée. Lorsque l'accès à des données réelles est nécessaire sur le thème R/Bioconductor pour la génomique, il est décidé par votre responsable de traitement, décrit dans une convention, limité aux fichiers utiles et exercé dans votre infrastructure, sans copie chez nous. Nous ne sommes pas votre délégué à la protection des données : nous préparons les éléments que celui-ci instruit.
Demander un devis
Indiquez l'établissement, les équipes concernées et l'échéance : nous revenons vers vous sous 48 h ouvrées avec un premier cadrage ; le devis détaillé suit l'échange.
Les autres types de prestation sur le thème R/Bioconductor pour la génomique
- Audit de la reproductibilité des analyses (R/Bioconductor pour la génomique)
- Conseil en organisation du calcul et des analyses (R/Bioconductor pour la génomique)
- Conception d'une chaîne d'analyse reproductible (R/Bioconductor pour la génomique)
- Accompagnement vers des pratiques reproductibles (R/Bioconductor pour la génomique)
- Aborder la gestion de données génomiques avec R
